Dla pierwszych 4-5 lat zbiornika charakterystyczna jest wysoka naturalna produktywność jako wynik istnienia dostatecznych zasobów masy organicznej na zalanych powierzchniach. Z czasem sytuacja w zbiorniku zaczyna się zmieniać i stabilizować – zasoby masy organicznej stopniowo się wyczerpują, naturalne warunki do tarła stają się coraz trudniejsze, przy tym pogorszeniu ulegają także fizyczne i chemiczne właściwości wody. Zespół tych czynników powoduje stopniowy spadek produktywności.
Zbiorniki nizinne mają stosunkowo zróżnicowany rybostan, ale systematyczną opieką otacza się tylko niektóre gatunki. Pierwsze miejsce zajmuje karp, żyjący w cieplejszych i płytszych zbiornikach. W pierwszych latach ich funkcjonowania można się liczyć nawet z naturalnym rozmnażaniem karpia. W starszych zbiornikach wyniki naturalnego tarła karpia są problematyczne, niezadowalające są też efekty zarybiania wylęgiem tej ryby (pogarszające się stosunki pokarmowe zwiększają ryzyko ze strony ryb drapieżnych). Tak więc pożądany stan karpia osiąga się przez regularne i odpowiednio intensywne zarybianie podhodowanym narybkiem.
Zgodnie z zasadami racjonalnego gospodarowania powinno się dawać pierwszeństwo narybkowi o masie 0,3-0,7 kg; w ten sposób przy niższych nakładach finansowych osiąga się lepszy efekt ekonomiczny, a to dzięki pełniejszemu wykorzystaniu zasobów naturalnego pokarmu. W większości zbiorników zaporowych karpiowi wiedzie się bardzo dobrze, notowane są przypadki jego rocznych przyrostów powyżej 1 kg. Mniej korzystne wydają się próby ponownego zarybiania karpiem (szczególnie w większych zbiornikach).
Do zbiorników zaporowych wprowadza się także lina, ale na ogół skutek nie jest zadowalający.
Rybą najczęściej występującą w większości zbiorników zaporowych jest leszcz. Dzięki zdolnościom adaptacyjnym mnoży się szczególnie intensywnie (ponad dopuszczalną granicę) i wtedy pożądane jest jego skuteczne odławianie.
Z ryb drapieżnych w pierwszych latach funkcjonowania zbiornika bez konkurencji są szczupak i okoń. Obie te ryby bardzo dobrze rosną. Szczupak jest łatwy do wyłowienia, więc kiedy z upływem czasu pogarszają się w zbiorniku warunki dla jego naturalnego tarła jego stan szybko się obniża. Liczebność szczupaka w zbiornikach musi być z tego względu utrzymywana przez regularne zarybianie. Sandacz, dzięki łatwości przystosowywania się, jest gatunkiem wprost stworzonym do życia w zbiornikach a jedyną jego wadą jest to, że w pełni aklimatyzuje się dopiero po 6-8 latach, kiedy to staje się czołowym drapieżnikiem w rybostanie zbiornika. Ryby tego gatunku odznaczają się też godną odnotowania wagą pojedynczych osobników.
W niektórych zbiornikach bytuje także sum; jego naturalnego tarła możemy jednak oczekiwać tylko w cieplejszych zbiornikach. Zarybienie sumem takiego typu wód należy odpowiednio rozważyć, bo bez większego ryzyka możemy go wprowadzić jedynie do odpowiednio przestronnych wód z dużą ilością białych ryb.
Najnowsze doświadczenia i praktyki wykazały, że organiczną część rybostanu zbiorników zaporowych powinny stanowić także ryby roślinożerne – zarówno ze względu na ich wędkarską atrakcyjność (chodzi tu głównie o amura), jak i ze względu na ich rolę w utrzymaniu zbiornika w dobrym stanie.
